j'ai été un peu rapide (et un peu trop conciliant) en me déclarant d'accord sur "la différence n'est même pas méthodologique, elle repose sur les buts mêmes de l'analyse économique"

C'est un peu plus subtil que ça. Au départ, il y a bien identité d'objectifs : expliquer une certaine classe de phénomènes sociaux (dont la définition exacte n'est pas si simple que ça, mais c'est une autre histoire).

Ensuite, il y a d'un côté une réflexion épistémologique et ontologique sur la nature même de ces phénomènes, qui conduit à des conclusions méthodologiques (en gros le dualisme méthodologique) et à des conclusions sur les objectifs que peut raisonnablement se fixer l'analyse (en gros, découvrir des lois causales qualitatives).

De l'autre côté, il y a une pétition de principe : il n'existe qu'une seule méthode scientifique, celle des sciences physiques, et l'économie doit l'utiliser pour arriver à des prédictions quantitatives.

Les différences sont à la fois dans les buts et dans les méthodes, mais les deux découlent d'une réflexion épistémologique et ontologique déjà explicite chez les Classiques et très développée ensuite par les Autrichiens, dont je ne trouve pas la contrepartie chez les économistes orthodoxes contemporains.